Более сложными будут отношения между микробами и инфекционными заболеваниями. Здесь возможны два экологически отличных варианта: первый вариант — микробы принадлежат самому организму, и возникающая инфекция выглядит эндогенной; второй вариант — инфект принадлежит внешней среде — экзогенная инфекция.